> For the complete documentation index, see [llms.txt](https://sexytrees.savimbo.com/llms.txt). Markdown versions of documentation pages are available by appending `.md` to page URLs; this page is available as [Markdown](https://sexytrees.savimbo.com/methodology/fr/biodiversity-credits/calculation.md). # Calcul de la biodiversité Ceci est un [bricolage](/methodology/fr/foundations/bricolage.md) protocole ; cela veut dire que nous le construisons en public ! Certaines pages sont en cours de construction — mais revenez bientôt, la mise à jour va vite ! Produire des Unités Indicatrices de Biodiversité interopérables (IBU) dans un scénario d'amélioration demande une mesure absolue, sensible aux incréments, de l'intégrité de l'écosystème, qui peut être suivie dans le temps, à faible coût, et sans personnel expert sur place. Aucun protocole publié à ce jour ne répond à cette exigence de manière satisfaisante. Des évaluations exactes de l'intégrité absolue demandent des échelles sensibles aux incréments, ancrées dans des conditions de référence bien définies. Notre protocole précédent a bien fonctionné pour certifier, créditer, et [négociation de gré à gré](https://carbon-pulse.com/432328) avec [des accords d'achat](https://carbon-pulse.com/450718/). Mais comme l'ISBM repose sur la présence ou l'absence d'espèces indicatrices (une échelle intrinsèquement binaire au niveau supérieur de l'intégrité), il ne peut pas atteindre ce niveau de détail et reste limité aux scénarios de conservation. À notre connaissance, aucun protocole certifiable existant n'offre actuellement des mesures absolues d'amélioration. Nous avons donc cherché à en développer un, en commençant par la question de savoir quels outils disponibles peuvent suivre de façon fiable quels indicateurs fondés sur l'échelle. ### Il existe beaucoup d'indicateurs Dans les crédits de nature, les données brutes se compilent en indicateurs. Les indicateurs sont analysés par des méthodes (qui intègrent des contrôles statistiques), puis sont abstraits en unités pour l'interopérabilité et l'échange. Nous pensons qu'il est plus simple de commencer par les unités et de remonter, en réduisant le champ au fur et à mesure, mais vous pouvez travailler dans l'autre sens. L'idée est que vous n'avez pas besoin de tous les indicateurs disponibles ; vous avez besoin des bons indicateurs pour votre argument, et ces indicateurs doivent produire une unité interopérable. Le carbone a plus de 170 méthodes de mesure. La biodiversité en aura probablement beaucoup plus, parce que la vie dans un écosystème est bien plus complexe que ses composants inorganiques. Voici un bon résumé que nous aimons de [BioInt](https://www.bioint.fr/biodiversitymeasurementapproaches), nos experts de référence très pointus sur la science de la biodiversité de l'Ouest ([BioInt](https://www.bioint.fr/biodiversitymeasurementapproaches), 2025).

Vue d'ensemble des approches de mesure de la biodiversité de BioInt, V4 2025. Utilisé avec permission. Citations pour le graphique sur le site de BioInt.

La biodiversité se mesure à deux échelles. La diversité alpha saisit ce qui existe sur un seul site — la richesse spécifique (quelles espèces) et l'équitabilité (comment les individus se répartissent entre elles). La diversité bêta saisit comment la composition change entre les sites ou dans le temps. La présence/absence et l'abondance alimentent toutes deux la diversité alpha, mais elles ne sont pas interchangeables sur le terrain. [ISBM](https://isbm.savimbo.com/executive-summary) (le protocole de conservation) utilise seulement la présence/absence. Dans ce cas, les comptages d'abondance demandent plus de formation, plus de temps, et plus de coût par échantillon, ce qui aurait exclu les communautés de la mise en œuvre du protocole elles-mêmes. Le compromis est réel : un protocole présence/absence coûte moins cher à appliquer et est plus inclusif, mais il est plus grossier qu'un protocole qui compte les individus. Les crédits émis sur cette base devraient être tarifés et décrits en conséquence, et nous attendons à ce que cette distinction apparaisse un jour dans les prix du marché. Pour ce protocole, un protocole d'amélioration, nous avons dû choisir une méthode qui capterait des changements plus fins, surtout dans les forêts tropicales. Cela réduit beaucoup le champ, parce que nous choisissons l'indicateur en fonction de l'argument que nous voulons défendre. Nous connaissions les indices que nous cherchions. Pour montrer le rétablissement de la biodiversité dans les forêts tropicales dégradées, il faut commencer par des hausses de l'activité et de la diversité des oiseaux (en 4 ans : [Roels et al. 2019](https://doi.org/10.5751/ACE-01330-140109)) et de la diversité des arthropodes (premières 5 à 8 années : ([Cole et al. 2016](https://doi.org/10.1002/ece3.2220); [Pinto et al. 2025](https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.122749)). De plus, l'intégration de plusieurs groupes taxonomiques améliore la capacité des indicateurs de biodiversité à distinguer les forêts primaires des systèmes agroforestiers ([Kessler et Bromet 2013](https://doi.org/10.1890/08-1074.1)), et idéalement, nous avons à la fois l'abondance et la richesse spécifique des spécialistes de l'habitat comme indicateurs utiles ([Scales et Marsden 2008](https://doi.org/10.1017/S0376892908004840)). ### L'état actuel de la science Nous avons passé en revue, de manière systématique, chaque classe d'outil disponible avant d'arriver à notre approche proposée. Après une étude approfondie, il est clair que les affirmations selon lesquelles on mesure la restauration de la biodiversité posent un problème scientifique. Nous ne considérons pas cela comme un frein à la tentative, mais nous commençons en connaissant les vraies limites du domaine. **Observation d'espèces indicatrices (ISBM).** Le protocole de crédit de biodiversité déjà certifié — le [Indicator Species Biodiversity Methodology (ISBM)](https://isbm.savimbo.com/) — utilise la présence ou l'absence d'espèces indicatrices comme indicateur. Cette échelle binaire ne peut pas détecter des trajectoires de restauration progressives. Elle est donc limitée aux scénarios de conservation où les écosystèmes sont déjà à l'intégrité totale ou presque, et ne s'applique pas à l'amélioration en agroforesterie. **Piégeage des arthropodes**. Même si le piégeage des arthropodes est une méthodologie académique fiable, pour servir d'échelle à l'ensemble du marché et à une adoption à la base il est peu pratique. Comme outil, il est intrusif, demande une expertise taxonomique importante pour l'identification, et implique de nombreuses autorisations dans la plupart des juridictions — ce qui le rend inadapté à un suivi communautaire, peu coûteux, à grande échelle. **Suivi acoustique.** Les approches acoustiques évitent l'intrusion du piégeage et peuvent capter des signaux précoces de diversité des oiseaux ([Roels et al. 2019](https://doi.org/10.5751/ACE-01330-140109)). Cependant, les espèces d'insectes ne peuvent pas encore être identifiées acoustiquement ([van Klink et al. 2024](https://doi.org/10.1098/rstb.2023.0101)), les indices acoustiques de biodiversité donnent de mauvais résultats et varient selon les écosystèmes ([Alcocer et al. 2022](https://doi.org/10.1111/brv.12890)), et la détection automatique des oiseaux échoue encore dans les biomes tropicaux ([Funosas et al. 2025](https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-7832874/v1)). Les données acoustiques ne peuvent donc pas fournir le signal multi-taxon nécessaire pour ancrer une courbe d'intégrité absolue. **Comptages visuels ponctuels**. Les relevés visuels reposent sur des observateurs experts formés et produisent peu de preuves documentaires vérifiables pour les audits de tiers. Ils sont aussi très sensibles à l'effort et à la compétence de l'observateur, ce qui nuit à la comparabilité entre sites et dans le temps. **Télédétection (NDVI, LiDAR, satellite)**. Les indices de végétation et les mesures de structure de la canopée tirés d'images de drones ou de satellites sont utiles pour les évaluations du carbone (voir [Carbone](/methodology/fr/carbon-credits.md)) mais ne captent pas la composition des communautés fauniques ni la biodiversité sous-canopée. Une canopée dense peut coexister avec des assemblages fauniques très dégradés. La télédétection est donc orthogonale à la mesure de la biodiversité telle que définie par l'IBU — elle mesure une dimension différente et ne peut pas la remplacer. La conclusion de cette revue est qu'un suivi crédible, à grande échelle, multi-taxon et sensible aux incréments de la biodiversité dans des systèmes agroforestiers de petits exploitants exige un outil non invasif, déployable sans expertise taxonomique, capable de détecter simultanément plusieurs groupes d'espèces, et faisable dans les contraintes logistiques et économiques des contextes tropicaux éloignés. L'équipe a conclu qu'à l'heure actuelle, seul le métabarcoding de l'ADN environnemental ([Lacoursière-Roussel 2019](https://doi.org/10.1111/jfb.14177)) répond à ces critères. ### L'eDNA comme approche de mesure L'ADN environnemental désigne le matériel génétique libéré par les organismes dans leur environnement proche — eau, sol ou air — et collecté de manière non invasive pour analyse ([Power et al. 2023](https://doi.org/10.1002/edn3.497)). La détection par eDNA a été validée comme adaptée au suivi dirigé par les Peuples Autochtones et les petits exploitants, grâce à son caractère non invasif, à son adaptabilité aux contextes de terrain éloignés, et à sa capacité de détecter plusieurs espèces en même temps ([Bélisle et al. 2026](https://doi.org/10.1111/1365-2664.70253)). Les relevés eDNA ciblant des organismes terrestres sont reconnus comme des outils prometteurs pour les systèmes agricoles, même si leur mise en œuvre dans ces contextes reste à un stade précoce ([Kestel et al. 2022](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.157556)). Les limites sérieuses de cette approche concernent l'équité, la faisabilité scientifique et l'éthique. * **Risques pour l'équité** incluent le coût abordable, l'absence de compétences pour interpréter, stocker ou accéder aux données, ou aux services de laboratoire. Les communautés dépendent intrinsèquement de partenaires éthiques pour cette technologie, et sont donc désavantagées pour exercer leur souveraineté. * **Défis scientifiques** sont importants. La résolution spatiale et temporelle dépend de l'échelle et varie selon les écosystèmes, car les taux de dégradation de l'ADN et les schémas de dispersion diffèrent selon la géographie et la saison ([Kestel et al. 2022](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.157556)). L'identification taxonomique est en général moins exacte dans les régions tropicales à cause des lacunes des bases de référence locales sur la biodiversité ([Chimeno et al. 2023](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0290173)). L'erreur aléatoire dans les échantillons eDNA peut affecter l'intégrité des données et doit être reconnue ([Lahoz-Monfort et al. 2016](https://doi.org/10.1111/1755-0998.12486)). Ces contraintes sont en partie traitées par la conception du Water Bucket Protocol (voir [WBP](/methodology/fr/biodiversity-credits/water-bucket-protocol.md)) et par notre travail en cours sur l'établissement du niveau de référence (voir [Travaux en cours](#ongoing-development)). * **Risque éthique** demande une reconnaissance explicite : l'échantillonnage eDNA peut [collecter par inadvertance de l'ADN humain](/methodology/fr/annexes/edna-case-study.md). Les cadres de consentement, les limites du champ d'analyse, et la gouvernance du stockage des données relèvent des principes de [la souveraineté des données des Peuples Autochtones (IDSov)](/methodology/fr/foundations/data-sovereignty.md) et sont abordés dans nos protocoles d'éthique et nos documents publics en parallèle, que vous devriez consulter avec cette méthodologie (voir Guide pratique [consentements eDNA](/practice-guide/fr/edna/ethical-consents.md)). Mais la technologie progresse trop vite pour être ignorée. L'émergence de technologies de séquençage portables comme Oxford Nanopore Technology ouvre la possibilité de produire les données sur le terrain — de la collecte jusqu'à l'analyse — sans exportation d'échantillons, ce qui réduit fortement les obstacles logistiques et les risques pour l'IDSov dans les contextes éloignés ([Sánchez-Vendizú et al. 2025](https://doi.org/10.1038/s41597-025-05697-z)). Le protocole #SexyTrees est conçu pour être compatible avec le séquençage sur le terrain à mesure que cette technologie mûrit. ### Premières étapes pragmatiques pour l'eDNA Nous n'avons pas besoin de nommer chaque espèce pour mesurer l'amélioration de la biodiversité. Le métabarcoding fonctionne comme une empreinte de la communauté — en suivant les changements de richesse et d'équitabilité dans le temps, sans résoudre chaque séquence en binôme latin. Une augmentation statistiquement significative entre le niveau de base et l'échantillonnage de suivi est un indicateur valable, même s'il est brut, d'amélioration écologique. Cela s'aligne raisonnablement avec la stratégie efficace de l'ISBM fondée sur une logique suffisante, et des paramètres logiques rigoureux ([ex post](/methodology/fr/foundations/orthogonal-stacking.md#nature-was-complex-now-its-also-chaotic), écosystème comparé à lui-même), et réduit la dépendance aux bases de référence tropicales, qui restent incomplètes. Nous reconnaissons que construire ces bases reste important pour l'exactitude génétique ([Di Capua et al. 2024](https://doi.org/10.1038/s41598-024-69520-2)), mais la science académique n'est pas la science du marché et poursuit des objectifs fondamentalement différents. ### Mesure théorique par eDNA Le parcours de crédit de biodiversité #SexyTrees se déroule donc en deux étapes. * **Collecte de données de l'étape 1** (pilotes actuels), les projets établissent des lignes de base eDNA et plantent des #SexyTrees, générant des données ex post de survie des arbres admissibles à des paiements fondés sur les résultats (voir [Arbres](/methodology/fr/tree-credits.md)). * **Courbe normalisée propre à chaque projet de l'étape 2** (en développement), une fois que les niveaux de référence seront établis et que le parcours de conversion en IBU sera certifié, les données accumulées de séries chronologiques eDNA des parcelles de l'étape 1 seront admissibles à l'émission rétroactive d'IBU pour la dimension de biodiversité d'amélioration. Cette approche ex post est choisie explicitement plutôt qu'une projection ex ante. Notre position est que l'émission d'IBU est toujours liée à des résultats mesurés, et non à des prédictions modélisées — conformément à la logique de [la science de la complexité](/methodology/fr/foundations/orthogonal-stacking.md#nature-was-complex-now-its-also-chaotic) et aux exigences d'intégrité des échanges de matières premières. ### Étape 1 — Collecte de données #### Figure H. Schéma rudimentaire du placement des seaux du Water Bucket Protocol (WPB).
Aerial schematic of a ~1-hectare agroforestry plot with four eDNA sampling buckets arranged in a diamond around the plot's centroid, each ~10 m from its neighbours. Two light-coloured buckets (yellow, sky blue) target pollinators; two dark terrain-coloured buckets (brown, forest green) target wood-dwelling insects. A 50 m scale bar is shown; bucket symbols are enlarged for legibility.

Disposition aérienne du Water Bucket Protocol (WBP). Quatre seaux stérilisés à l'eau de Javel sont placés autour du centroïde d'une parcelle agroforestière (en moyenne ~1 ha)

### Étape 2 — Courbe normalisée propre à chaque projet #### Figure Ga. Schéma rudimentaire de la méthodologie de crédit de biodiversité d'amélioration, avec une courbe normalisée générée à partir de l'eDNA du Water Bucket Protocol (WBP).
Bar-stack graph showing biodiversity integrity increasing linearly from degraded land at year zero to near-primary-forest levels by year four across hectares of SexyTrees-compliant reforestation, measured by eDNA methodology under Savimbo's Water Bucket Protocol. Each stack represents one hectare's measured biodiversity integrity score.

Schéma irréaliste (devrait représenter une amélioration sur 60 à 80 ans) montrant la méthode de régression linéaire eDNA pour l'échantillonnage d'intégrité absolue par eDNA.

Ceci est une image illustrative d'une régression linéaire avec une sélection aléatoire de parcelles de 1 ha dans une zone de projet, utilisée pour générer une courbe normalisée. Mais le rétablissement en 4 ans jusqu'à la forêt primaire est fort sur le plan rhétorique mais naïf sur le plan scientifique. Le vrai rétablissement de la biodiversité mesuré par eDNA dans l'agroforesterie tropicale n'atteint généralement pas les valeurs de la forêt primaire à l'année 4 — les trajectoires publiées utilisant des inventaires botaniques traditionnels par parcelle montrent en général 60 à 80 ans pour un rétablissement complet sur la plupart des indicateurs, certaines caractéristiques fonctionnelles ne convergeant jamais ([Rozendaal et al. 2019](https://doi.org/10.1126/sciadv.aau3114); [Poorter et al. 2021](https://doi.org/10.1126/science.abh3629)). (C'est pourquoi le principe n°1 reste de protéger d'abord les forêts primaires.) Voici un calendrier visuel plus réaliste (même s'il reste extrêmement optimiste) pour nos parcelles. #### Figure Gb. *Un peu* plus réaliste du schéma de régression linéaire du crédit de biodiversité d'amélioration.
### Développement en cours Les éléments supplémentaires en cours de développement actif ou de négociation comprennent : * **Normalisation de la courbe d'intégrité**: Établir les signaux de richesse spécifique et de composition communautaire qui correspondent à des incréments définis d'intégrité dans les trajectoires de rétablissement de l'agroforesterie tropicale, afin de permettre la traduction des résultats du métabarcoding eDNA en scores d'intégrité compatibles avec l'IBU. * **Lacunes des bases de référence :** L'identification eDNA tropicale dépend des bases de données locales de séquences d'espèces, qui sont actuellement incomplètes. Le protocole est co-développé avec des partenaires de séquençage et des initiatives régionales de données sur la biodiversité pour combler les lacunes les plus critiques pour le Putumayo et le contexte agroforestier plus large de l'ALC. * **Intégration du séquençage sur le terrain :** Pilotage du séquençage basé sur Oxford Nanopore sur le terrain pour évaluer si un flux de données fermé (collecte → analyse → demande de crédit, sans exportation) est faisable opérationnellement et conforme à l'IDSov. * **Chaîne de certification par un tiers :** Trois certificateurs ont exprimé leur volonté d'adopter le protocole dans leurs programmes de crédit de biodiversité une fois la validation réussie. Les exigences formelles de certification sont alignées en parallèle avec le développement du protocole. --- # Agent Instructions This documentation is published with GitBook. GitBook is the documentation platform designed so that both humans and AI agents can read, navigate, and reason over technical content effectively. Learn more at gitbook.com. ## Querying This Documentation If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question. Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter, and the optional `goal` query parameter: ``` GET https://sexytrees.savimbo.com/methodology/fr/biodiversity-credits/calculation.md?ask=&goal= ``` `ask` is the immediate question: it should be specific, self-contained, and written in natural language. `goal` is optional and describes the broader end goal you are ultimately trying to accomplish on behalf of the user. GitBook uses it to tailor the answer towards what is most useful for that goal. The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation. Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.